首先是安全性问题。这是产业界对云计算最大的担心，也是制约云计算快速推广的最大阻力。对于政府机构来说，对安全性的要求比企业更严格，而一旦发生问题其破坏力也将更大。企业方选择云服务商更多的是考虑供应商的诚信问题，而对政府机构来说，一些工作甚至牵扯到国家安全，不得不慎之又慎。
其次是云基础设施的部署和改造。鉴于云计算与传统的IT部署方式有很大区别，在对云平台的部署上有很多问题需要考虑。比如数据中心平台的建设，是在原有平台的基础上改造，还是建立全新的数据中心，各级政府云平台怎么统一规划，如何选择一条更安全、更便捷、更低成本的路线，以及平台建成后的管理、利用，都存在诸多挑战。基于政府部门是一国之最庞大“机构”，其云平台的建设必定牵涉甚广，因此对部署方案的要求也就更加复杂。
第三，企业部署云计算除了考虑服务和易用性，成本也是其考量的一重要指标。而对政府部门来说，考察云计算供应商则存在“轻成本，重服务”的特点。在安全性、易用性、稳定性、快速响应、技术支持能力等方面的要求使得政府对云服务供应商的挑选非常严格。这也就表示，只有少数综合能力过硬的供应商可在挑选范围之内。
第四，全新的云计算服务模式对政府部门的IT运维人员提出了新的挑战。云计算把IT人员从基础的工作中解脱出来，更关注与业务接近的内容。同时它对IT人员的业务理解能力也提出了更高要求。此外，云计算的特性要求IT运维人员既能从长远角度考虑IT资源的整体规划，又需要考虑如何将更多的应用迁移到云平台上，并保证它们的可用性、安全性和可扩展性。传统的电子政务IT运维很多项目都是外包出去的，而应用云计算平台之后，运维工作如何分配，政府内部的IT运维人员与云服务提供商如何协调工作，也是需要重新考虑的问题。
任何一项新技术在发展的道路上都会面临诸多挑战，我们很欣慰的看到，在云计算领域，总的来说还是优势大于劣势，而目前所存在的诸多问题，不过是前进道路上的一些小荆棘，我们相信，云计算必将给IT界带来巨大的变革，而公众将是其中最大的受益者。
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