障碍一是体制机制。
当前，我国科技成果转化率不到20%，产业化不到5%，而发达国家技术转移高达40%～50%。我国科技成果转化的最大障碍是体制机制。
首先是产学研利益保障机制不健全。由于各类创新主体的职责和权益界定不清，对共同投入、成果分享，技术、市场、管理等风险分担的机制不健全，缺乏法律约束，导致产学研结合难以持续。
其次是政府发挥引导与协调作用不够。产学研结合没有专门的促进政策，信息和中介服务体系不完善。政府在产学研结合的资源配置上缺乏明确导向，特别是在对多项技术集成创新和产业技术创新链的资源配置上，“贴牌”现象较多。
再次是引导产学研结合的评价激励机制有待完善。长期以来，学术至上“一刀切”的评价标准，造成了业绩考核中轻视企业服务、项目管理中轻视横向科研的“两个不平等”；同时，企业也缺乏合作创新意识，从而制约了产学研结合的积极性。
马德秀建议，应适时制定我国《产学研合作促进法》，确立必要的准则，以促进产学研结合的健康、可持续发展。
障碍二是合作模式。
离子膜是我国氯碱工业和新能源汽车的核心材料，国家曾组织攻关10年都没有获得突破。几十家单位松散地合作，都怕投入过多而吃亏，造成研发工作始终在实验室兜圈子。上海交大教授张永明在学校支持下，与民营企业东岳集团组成强大的产学研联盟，以市场为导向，完成了从实验室研究到工程化技术的重大突破，打破了美国杜邦公司的长期垄断。2005年作为山东省一号工程，迈出了官产学研用的重要一步，现已实现产业化并荣获省科技发明一等奖。
“令人担忧的是，这样成功的例子还不多。从这个实例中我们深切感受到：产业技术创新投入高、风险大、系统性和复杂性强，要求参与单位之间形成持续稳定的合作关系。而目前‘年度性’和‘单个项目制’的产学研结合难以适应这一要求。”马德秀说。
马德秀建议，应从三个着力点实现产学研合作模式的突破：一要聚焦产业高端，建立共性关键技术重大平台。紧紧围绕国家重大战略需求，成立官产学研用战略联盟，集中力量加强攻关，实现“抱团创新”，提升行业整体创新水平。
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